Die ältesten archäologischen Funde zeugen von der Besiedlung des Gebiets von Ilok in der jüngeren Steinzeit, zahlreich sind aber auch die Funde aus der Kupfer-, Bronze- und Eisenzeit. Es wurden reiche Fundorte der Kulturen von Vinkovci und Vučedol freigelegt. Nachdem die Römer diese Gegend erobert hatten, bauten sie zur Kontrolle des Donau-pannonischen Weges und der Grenze die Grenzbefestigung Cuccium. Der Name Ilok wurde zum ersten Mal 1267 erwähnt – als Wjlok, Wylhoc und Iwnlak. Der bekannteste Herr von Ilok war Nikola Iločki (1410-1477), ein mächtiger kroatisch-ungarischer Adliger und Anwärter auf die Königskrone, Ban von Kroatien, Slawonien und Mačva, Herzog von Transsilvanien und König von Bosnien. Während seiner Herrschaft durchlebte Ilok sein „goldenes Zeitalter“, und der Stadtkern wurde mit Mauern befestigt, deren Reste größtenteils erhalten sind. Nikola hat auch das Franziskanerkloster und die aus dem 14. Jahrhundert stammende Kirche des hl. Johannes von Capestrano erneuern und ausbauen lassen. Der hl. Johannes von Capestrano, Europas Apostel und bekannter Kämpfer gegen die Ketzerei und die osmanischen Feldzüge, verstarb in Ilok und wurde dort begraben. Den Status der königlichen Freistadt erhielt Ilok im 15. Jahrhundert, und das offizielle Statut der Stadt wurde 1525 bestätigt. Im Zeitraum zwischen 1526 und 1688 herrschten in Ilok die Türken, und aus dieser Zeit sind wertvolle Denkmäler der islamischen Kultur erhalten. Die Besitztümer von Ilok erhielt im 17. Jahrhundert die Fürstenfamilie Odescalchi, die Nikolas altes, mittelalterliches Schloss erneuern, den Weinbau modernisieren und den Weinkeller unter dem Schloss bauen ließ und so für Iloks „zweites goldenes Zeitalter“ sorgte. Im 18. und 19. Jahrhundert wurde Ilok Sitz des stellvertretenden Gespans der Gespanschaft Srijem, Gemeindesitz sowie Gerichts-, Handels- und Marktzentrum. Die Geschichte Iloks kann man im Stadtmuseum nachvollziehen, in dem eine Fülle archäologischer, historischer und ethnographischer Exponate sowie eine Kunstsammlung.
